舟山医院开端名叫卫生院，属定海县统辖，称定海县人民政府卫生院。该院正式建立于1950年6月2日，在接纳定海县政府遗留下的检诊所基础上树立起来。其地址设在县府街6号仁慈堂内，即今日的定海总府路周围吴家大院西首舟山市卫生局所在地。初建立时，包含行政事务工作人员仅20余人。

  当年的定海县人民政府卫生院院长叶云和药剂员韩文纯受省卫生厅差遣于1950年5月21日（即定海刚解放第四天）到定海了解卫生工作情况，并在当地军政领导指示下接管了原定海县检诊所筹建定海县卫生院。原定海县检诊所地址在定海城关南门里护城河边，即如今定海解放东路中段北边，原属于都神殿房产。这儿因房子终年失修破烂不堪，所以在定海县卫生院建立时选址在县府街6号仁慈堂。其时仁慈堂为两层木结构高楼，前后并有配套平房数间，总共有30多间房子。

  1951年5月10日，坐落西大街的原公立福仁医院并入定海县卫生院，人员设备得到加强。尤其是原在沈家门存济医院的俞岳申参加定海县卫生院，使该院在外科方面从只能进行一般脓肿切除和创伤缝合手术，发展到能够切除阑尾炎及疝修补手术等。至1952年，病床数增加到63张，员工增至58人。

  1953年2月,浙江省委决议树立舟山专区，3月16日舟山专区正式建立，于6月份将卫生院划归专署直接统辖，更名为舟山医院。至1954年10月，省卫生厅命名为浙江省立舟山医院。医院病区扩展、病床增至91张，员工增至77人。原仁慈堂与吴家大院通联开，吴家大院为前院，设门诊部，后院设病房，中心建有顶棚的走廊，走廊周围平房为化验室、厨房等。

  为习惯门诊及住院病人日积月累的需求，省卫生厅拨款35万元人民币筹建新院址。新院址选在定海城北门外田螺山脚下（即今日舟山医院住院部所在地），共占地25.11亩，于1955年建成，于3月份由城内迁至郊外新址。

  新院址首要修建为两层工字型楼，总修建面积3258平方米。前楼为门诊部（楼下）和行政科室（楼上），后楼和中心通道周围房间为事务科室及病房，还有厨房等配套修建设在工字楼主楼东南角，从主楼至厨房为鹅卵石铺路，路旁留有绿化带并植有花草树木。

  迁入新院址后，医院的各个方面都得到了全面发展。但随后的“文革”高潮开端，部分医护人员迁至西乡里回峰。至“文革”后，跟着党的十一届三中全会举行，吊销医院革委会，健全领导体系，医院重又康复了活力。